Jason Bourne (Matt Damon) hat sich mit Marie, seiner im Laufe von The Bourne Identity aquirierten Freundin Marie (Franka Potente) nach Goa zurückgezogen – noch immer mit Amnesie, was große Teile seiner Vergangenheit betrifft. Das Glück der beiden währt nicht lange: Killer treten auf den Plan, hetzen sie, töten Marie. Bourne muss sich wieder auf eine Jagd nach seiner Vergangenheit machen, herausfinden von wem und warum er zum CIA-Killer ausgebildet worden war. Zugleich geht in Berlin bei einem Agenten-Deal eine Bombe hoch; der Verdacht wird vom wahren Täter auf Bourne gelenkt. So hat Jason nun auch seine einstigen Aufraggeber auf den Fersen.
Große Teile dieser Fortsetzung zum Erfolgs-Thriller The Bourne Identity wurden in Berlin gedreht, das teils auch als München und Moskau herhalten muss.