Vor 20 Jahren tauchte ein riesiges UFO im Himmel über Johannesburg auf. Die Außerirdischen waren schlicht gestrandet. Die Menschen haben sie in einem großen Flüchtlingslager vor den Toren der Stadt untergebracht, dem District 9. Über die Jahre hat er sich in einen gigantischen Slum verwandelt. 1.8 Millionen Aliens vegetieren hier vor sich hin, beherrscht wird er von nigerianischen Waffen- und Drogenschmugglern. Die Spannungen zwischen Aliens und Menschen steigen. Deshalb wurde der internationale Militärkonzern Multi-National United MNU damit beauftragt, die Aliens in ein neues Lager 200km entfernt in der Wüste umzusiedeln. Die Operation leitet Wikus, der gutmütige Schwiegersohn eines MNU-Bosses. District 9 beobachtet die Ereignisse im Stil einer Fernsehdokumentation. Schnell stellt sich heraus, dass Wikus nicht in der Lage ist, die schießwütigen MNU-Soldaten unter Kontrolle zu halten. Dann infiziert er sich auch noch mit einer geheimnisvollen Flüssigkeit. Sein Arm wandelt sich in ein Alien. Damit wird er für die Waffenforscher von MNU zum idealen Versuchskanninchen. Die Ereignisse geraten endgültig außer Kontrolle.