Im Jahr 2065 ist auf der Erde nicht mehr viel übrig von den Menschen und ihrer Zivilisation. Gerade wird ein neuer High-Tech-Schlag gegen die Armee phantomgleicher außerirdischer Invasoren vorbereitet. Doch Dr. Aki Ross (im Original gesprochen von Ming-Na) – selbst von Alien-Partikeln infiziert – kommt hinter das tragische Geheimnis der extraterrestrischen Angreifer. Nur mit Hilfe einer kleinen militärischen Elite-Truppe kann es ihr noch gelingen, den Kampf zu einem friedlichen Ende zu führen und die weltbedrohenden Pläne des fanatischen Generals Hein zu durchkreuzen.
Dieser Film aus der japanischen Software-Schmiede Square (deren »Final Fantasy«-Reihe zu den erfolgreichsten und bekanntesten der Videospielgeschichte zählt) ist der erste Versuch, einem komplett am Computer animierten Film inklusive digitaler Darsteller ein fotorealistisches Aussehen zu verleihen.